Университет Малайя был создан как национальный университет Малайзии в 1962 г. на базе существовавшего здесь отделения Университета Малайи, находившегося в Сингапуре. В 1982 г. здесь обучалось свыше 9 тыс. студентов. Университет имеет ряд факультетов: гуманитарных и общественных наук, экономики и управления, педагогический, юридический, естественных наук, инженерно-технический, медицинский, стоматологический.

В 1981 г. была создана Исламская академия с факультетами теологии и мусульманского права. При университете имеются вычислительный и лингвистический, а также культурный центры. В планах на ближайшие годы — расширение подготовки высококвалифицированных специалистов за счет послевузовского обучения, а также исследовательской работы.

Особую роль играет научный центр, где студенты получают навыки научно-исследовательской работы в области фундаментальных наук. При нем существуют подготовительные курсы для малайской молодежи (2 года обучения), собирающейся получать полное университетское образование, что требует более углубленных знаний.