Слияние с Сингапуром не складывалось; конфликты возникли между малайскими лидерами и премьер-министром Сингапура, Ли Куан Ю, который пытался проводить реформы для того, чтобы улучшить положение китайского меньшинства в пределах Малазийской Федерации. В 1965 году, Сингапур мирно вышел из Малайзии. Однако напряженность между странами сохранилась, также как и между китайцами и малайцами, и, в конечном счете, привела в 1969 году к возникновению серьезного конфликта и 22-месячному временному прекращению работы парламента.
Политический баланс был поддержан полиэтнической Национальной коалицией. Тан Абдул Разак занял пост премьер-министра в след за Абдулом Рахманом в 1970 году, и в следующем году Абдул Разак принял Новую Экономическую Политику, чтобы улучшить экономическое благополучие малайцев через систему предпочтений. Когда Абдул Разак умер в 1976 году, Хуссейн Онн, занял пост премьер-министра. В 1981 году, Махатхир бин Мохамед из Национальной Организации Объединенных Малайцев (UMNO), стал премьер-министром. Махатхир привел Национальную Партию к победе на выборах в 1982, 1986, и 1990 годах. Правительство Махатхира критиковалось за репрессии против китайского и индийского меньшинств. В 1989 году был подписан формальный мирный договор между Малайской Коммунистической партией (MCP) и правительством Куала-Лумпура.