В 1995 году Национальный Фронт снова одерживал победу на выборах. Как и другие страны региона, экономика Малайзии пострадала во время кризиса 1997-98 годов; однако, в отличие от тех, кто принял финансовую помощь от Международного валютного фонда, Малайзия вышла из кризиса собственными силами. В сентябре 1998 года, правительство Малайзии прекратило торговлю своей валютой и взяло на себя ручное управление рынками капитала, особенно, контролируя инвестиции из-за границы; к середине 1999 года экономика начала оправляться.
В сентябре 1998 года, Махатхир уволил своего прямого наследника, Анвара Ибрагима, который занимал посты заместителя премьер-министра и министра финансов. Анвар был признан виновным в обвинениях в коррупции в апреле 1999 году, и приговорен к шести годам тюремного заключения, что привело к общественным протестам; в августе 2000 года, он был признан виновным в гомосексуализме и приговорен к еще девяти годам. Оба суда были осуждены международными правозащитными группами.
На выборах в ноябре 1999 года, Национальный Фронт снова одержал победу, но Исламская партия Малайзии также получила значительную поддержку, увеличив количество своих мест в парламенте до 27 с 8, в значительной степени в результате поддержки от малайцев, которые ранее голосовали за UMNO. Партия, сформированная сторонниками Анвара и во главе с его женой, проиграла на выборах.
Новый закон 2002 года ужесточил правила для иностранных работников, и вынудил многих индонезийцев и филиппинцев уехать из Малайзии. Это привело к возобновлению напряжения в отношениях с соседями, особенно с Индонезией, 400 000 граждан которой вернулись домой. В октябре 2003 года, Премьер-министр Мхатхир ушел и его пост занял Абдулла Ахмад Бадави, заместитель премьер-министра с 1999 года. На момент своей отставки Махатхир являлся политиком, который находился у власти дольше всего в Азии. Пять месяцев спустя Бадави выиграл собственный мандат на парламентских и государственных выборах, когда Национальная коалиция увеличила свое представление в парламенте на одну треть, получил 90 % мест. В сентябре 2004 года, осуждение Анвара Ибрагима по обвинениям в гомосексуализме было отозвано, и он был освобожден.
Вторая волна в полмиллиона незаконных иммигрантов уехала из Малайзии в конце 2004 года и в начале 2005 года во время правительственной амнистии прежде, чем правительство начало арестовывать и высылать незаконных иммигрантов в марте 2005 года. К маю, однако, когда отток индонезийцев с разрешением на работу привел к нехватке рабочих, Малайзия согласилась разрешить индонезийцам, ищущим работу приезжать в страну и устраиваться на работу по туристическим визам.